Cell Res：北京基因组所合作揭示 RNA 甲基化调控 R -loop 形成及转录重启

R-loop 是一种由 RNA：DNA 杂合链和遗传物质 DNA 组成的特殊核酸结构设计，在原核和酵母菌人类的基因序列组中会产自广泛且长期存在。R-loop 在很多关键的人类学过程中会发挥关键基本功能，有数染色质粘贴、激活调节、DNA 损伤重建以及基因序列组平衡性等，但其如何被精确调节的功能由此可知不确实。m6A 粘贴作为据称 RNA 上丰度最多的粘贴型式，广泛参与灵长类动物的发育、免疫反应、干细胞内更新、脂肪分化、以及降解和转移等全人类过程。然而，目前由此可知不确实 m6A 应该能作为 R -loop 中会 RNA 等量的本源特征来调节 R -loop 高水平，进而发挥各种人类学基本功能。中会科院天津基因序列组数据分析所杨运桂、任捷与清华大学生科院孙前文小组合作数据分析，发掘出 m6A 能平衡 R-loop 的转变成，进而调节基因序列激活的适当重启。这一成果以《m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination》为题于 10 月 12 日在线发表于《细胞内数据分析》（Cell Research）月刊。数据分析小组首先通过黑斑化学键杂交和免疫反应荧光技术，发掘出敲低 m6A 乙基转移酶 METTL3 非同着降低 R -loop 高水平，且该调节起到依赖于 METTL3 乙基转移酶活性。随后，小组成员并用高效色谱色谱重新组建质谱法技术，发掘出相较于基因建构的 RNA（caRNA），R-loop 的 RNA 等量有越发掺入的 m6A 粘贴。大幅度并用基于遗传物质 DNA 建库的 DNA：RNA 杂合链免疫反应共约沉淀PCR测序技术（ssDRIP-seq），发掘出下调的 R -loop 主要掺入在激活重启区域，R-loop 变化程度与 m6A 的西南方和粘贴高水平相关。为了探索 m6A 对 R -loop 调节的人类学基本功能，数据分析小组绘制了 RNA 核酸激活启动子的数字化图谱，并在 MYC、ACTIN 基因序列上进行多种激活活性检测，发掘出 m6A 推动 R -loop 转变成是激活重启过渡阶段的关键性，可以消除 RNA 核酸的激活通读。最后，小组成员紧密结合了针对激活通读的报告基因序列系统，通过 m6A 粘贴启动子的凋亡大幅度声称 m6A 对于 R -loop 转变成及激活重启的关键起到。该数据分析发掘出了 m6A 乙基化粘贴的共约激活调节基本功能，揭示了 RNA 乙基化粘贴对染色质结构设计的受到影响，以及 R-loop 结构设计中会的 RNA 等量被粘贴后对其自身稳态的调节功能，阐释了 m6A 通过平衡 R-loop 而推动激活出现异常重启的现象，为大幅度数据分析 m6A 与 R-loop 的调节功能和相应人类学基本功能透过了前提的技术和理论保持平衡。该数据分析得到了中会国科学院关键同步进行科技专项、国际组织自然科学以及国际组织重点生产计划书等慈善机构私人机构。原始出处：Xin Yang， Qian-Lan Liu， Wei Xu， et al. m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination. Cell Research (2019).